Jurusan Magister Pendidikan Agama Islam adalah program studi yang menyelenggarakan pendidikan secara luas dan juga mendalam, khususnya di bidang ilmu pendidikan Islam. Secara umum, jurusan ini memiliki visi menjadi program studi bereputasi internasional yang unggul dalam pengembangan ilmu pendidikan Islam dan inovatif dalam rancangan pembelajaran. Selain itu, jurusan ini juga bertujuan untuk menghasilkan para magister yang bisa menguasai ilmu-imu dasar studi Islam, memiliki kemampuan metodologis dalam mengembangkan studi-studi keislaman, dan juga bisa memahami dan menganalisa fenomena sosial-keagamaan yang berkembang dalam masyarakat. Nantinya, para lulusan dari Jurusan Magister Pendidikan Agama Islam ini akan memperoleh gelar M. Pd. atau Magister Pendidikan Agama.