Jurusan Magister Manajemen Pendidikan Islam secara umum mempelajari tentang perencanaan, pengelolaan, pelaksanaan, dan juga pengawasan proses pendidikan dan infrastruktur lembaga pendidikan. Adapun tujuan dari Jurusan Magister Manajemen Pendidikan Islam ini yaitu untuk mengembangkan mutu sumber daya manusia yang handal di bidang manajemen pendidikan Islam yang berbasis Al-Quran melalui kajian teori dan praktik sesuai dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi. Selain itu, di jurusan ini manajemen pendidikan akan dikaji dengan mengacu pada nilai-nilai keislaman yang berdasarkan pada Al-Quran dan Hadist.