Jurusan Pendidikan Profesi Apoteker adalah program pendidikan lanjut untuk para sarjana farmasi yang sudah menyelesaikan jenjang pendidikan akademik sebagai salah satu upaya untuk meningkatkan kualitas pendidikan di bidang kefarmasian dan mempersiapkan mahasiswa untuk mempunyai pekerjaan dengan persyaratan keahlian khusus. Mahasiswa yang sudah menyelesaikan Jurusan Pendidikan Profesi Apoteker akan memperoleh gelar Apoteker. Tujuan dari adanya jurusan ini yaitu untuk mendidik calon apoteker atau farmasis sebagai tenaga kesehatan di bidang obat-obatan, baik itu modern ataupun tradisional, dalam membangun kesehatan masyarakat dalam sistem kesehatan nasional.