Kemampuan baru yang disediakan oleh MySQL berupa stored procedure, function dan trigger atau disebut stored program tidak mudah dipelajari dan digunakan oleh parapengembang program aplikasi yang menggunakan MySQL. Barangkali hanya mereka yang memiliki pengalaman dengan database relasional lain yang bisa menggunakannya. Penggunaan stored program akan membuat aplikasi yang kita kembangkan menjadi aplikasi tangguh, cepat, dapat dipercaya dan efisien. Akan tetapi, penggunaan stored yang tidak tepat dapat menyebabkan performa aplikasi menjadi jelek, pemeliharaan sulit, dan mngkin kurang dapat dipercaya.