“Argonauts”, bajak laut paling tua dalam sejarah umat manusia berusaha untuk merebut Euryale dari tangan Fujimaru dan lainnya untuk dipersembahkan pada Ark, benda suci yang tercatat dalam Perjanjian Lama, yang konon mempunyai kekuatan untuk menghancur dunia. Untuk menghentikan itu, Fujimaru dan lainnya harus terlebih dahulu mengalahkan Heracles, Hero Agung yang memiliki 12 nyawa! A.D. 2016, fondasi kemanusiaan telah dibakar oleh Mage King Solomon. Chaldea, sebuah organisasi penyihir rahasia dengan misi untuk melestarikan masa depan umat manusia, meramalkan kepunahan umat manusia pada tahun 2015. Maka dimulailah operasi untuk memperbaiki Singularitas dalam sejarah yang disebabkan oleh Cawan Suci yang tersebar di ruang dan waktu—Operasi Grand Order. Menggunakan teknologi perjalanan waktu Rayshift, master terakhir Chaldea, Ritsuka Fujimaru dan setengah-pelayannya Mash Kyrielight telah melakukan perjalanan ke dan menyelesaikan enam Singularitas. Sekarang, mereka berangkat ke tujuan mereka yang paling berbahaya: sebuah peradaban di Zaman Para Dewa, B.C. 2655 Mesopotamia. Ritsuka dan Mash segera menemukan bahwa Binatang Iblis berkeliaran di tanah dengan tiga Aliansi Dewi, menyerang orang-orang dan kota-kota. Di tengah kekacauan dan teror terletak pertahanan terakhir umat manusia—Uruk, kota benteng yang bertindak sebagai garis depan untuk pertempuran melawan binatang buas. Medan perang dipimpin oleh Raja Gilgamesh, Raja Pahlawan, yang berperan sebagai penyihir dan memanggil roh-roh heroik untuk melindungi kotanya.