Ia terlahir dengan nama Muhammad Darwis. Ayahnya, Kyai Abu Bakar, adalah seorang ketib Amin di Masjid Gede Yogyakarta. Semenjak remaja ia sering bertanya: kenapa umat Islam begitu terpuruk dalam banyak hal? Saat itu ia berpikir umat Islam begitu terkungkung oleh hal-hal takhayul. Ia pernah mencoba bertanya dan memberontak, tetapi justru penolakan dan cacian yang didapatnya. Keresahan batin medorong Darwis menuntut ilmu setinggi-tingginya, hingga takdir melayarkannya ke Mekah. Di Mekah ia belajar pada banyak guru. Ia pun berguru kepada Syekh Ahmad Khatib Al-Minangkabawy,Imam Besar Masjidil Haram dari Sumatera, bersama teman seperjalanan dari Jombang: Hasyim Asy'ari.