Setelah perjalanan yang mengerikan ke dalam tubuh baru, Sel Darah Merah dan Sel Darah Putih akhirnya bertemu lagi di dunia baru yang aneh ini. Tetapi keadaan reuni mereka mengerikan. Mereka baru saja mengetahui bahwa tubuh baru ini menderita diabetes. Sel-sel ginjal menjadi kelebihan beban karena harus menyaring terlalu banyak gula, dan nasib buruk telah menimpa pulau Langerhans di pankreas... Kode hitam baru membawa banyak komplikasi baru: apnea tidur, pankreatitis, penyakit gusi--bagaimana dapatkah sel mana pun tetap bekerja dalam kondisi ini?! Cells at Work! Black adalah seri spin-off yang disetujui oleh penulis asli (Akane Shimizu) tetapi dibuat oleh penulis dan seniman yang berbeda (Shigemitsu Harada dan Issei Hatsuyoshi) yang menunjukkan kepada kita apa yang terjadi di tubuh manusia yang tidak sehat yang mengambil bagian dalam banyak kejahatan, paling tidak di antaranya termasuk sering minum, merokok, dan bahkan berhubungan seks. Alkisah diceritakan kehidupan para sel dalam tubuh manusia yang digambarkan sebagai sebuah kota. Mereka juga harus melawan para mikroorganisme patogen yang dapat masuk melalui hidung, mulut, ataupun luka. Sebagian besar cerita berpusat pada 2 sel, sel darah merah pemula, AE3803, yang sering tersesat dalam menjalankan tugas pengantaran dan sel darah putih, U-1146, yang bertarung melawan semua kuman penyakit yang menyerang tubuh manusia.